Peu avant l'an mil, il n'existait qu'une petite église édifiée sur le tombeau de saint Flour et quelques bâtiments abritant les religieux qui desservaient ce lieu de pèlerinage.

Confiscations, vols, pillages... Le lieu saint fut pris par des seigneurs locaux. Et ce fut la longue guerre de Planèze...

Enfin la terre sacrée finit par être donnée à Cluny pour la construction d'un prieuré.